Sultan Baabullah lahir dan tumbuh dalam suasana persaingan antar pedagang rempah-rempah di Nusantara khususnya di kawasan Maluku. Tidak hanya pedagang asal Nusantara tetapi juga pedagang asing dari Eropa. Persaingan ini pada gilirannya menimbulkan keinginan untuk memonopoli perdagangan rempah-rempah yang sangat bernilai tinggi.

Pada masa mudanya sampai berusia 18 Tahun, Sultan Baabullah mengikuti pelatihan militer dari dua panglima militer Kesultanan Ternate dan juga ilmu kepemimpinan dan keagamaan dari internal kesultanan.

Ayahnya Sultan Khairun diangkat sebagai sultan pada 1546 menggantikan Sultan Tabariji yang diasingkan Portugis ke Goa-India. Sultan Baabullah naik tahta pada 28 Februari 1570 setelah ayahnya secara kejam dibunuh oleh Portugis

Portugis sangat ingin memonopoli perdagangan rempah-rempah di Maluku dan Ternate khususnya. Portugis yang awalnya diterima dengan baik di Ternate lama kelamaan memaksakan monopolinya yang menyebabkan kakek Sultan Baabullah dibuang ke Goa-India dan bahkan ayahandanya Sultan Khairun dibunuh.

Sultan Baabullah menjadi sangat anti-Portugis dan bertekad mengusirnya dari wilayah Kesultanannya. Tekad ini dibuktikan dengan mengirim ekspedisi ke berbagai daerah seperti Ambon dan Buton untuk mengejar orang-orang Portugis.

Ekspedisinya ini berhasil. Ternate pun terbebas dari cengkeraman Portugis pada masa pemerintahan Sultan Baabullah sehingga berhasil menjadi sentral perdagangan rempah-rempah yang mempunyai jaringan internasional.

Ekspedisinya ini berhasil. Ternate pun terbebas dari cengkeraman Portugis pada masa pemerintahan Sultan Baabullah sehingga berhasil menjadi sentral perdagangan rempah-rempah yang mempunyai jaringan internasional.